Militante del PSOE desde 1983, Lopez Aguilar comenzó su carrera política a comienzos de los noventa como asesor, primero, de Enrique Mújica, ministro de Justicia, y como colaborador, más tarde, de Jerónimo Saavedra, responsable de la cartera de Administraciones Públicas.


Elegido diputado socialista por Las Palmas en las elecciones del 96, desempeñó durante aquella legislatura el cargo de portavoz de la comisión de Justicia. Cuatro años después renovó su escaño para pasar a ser vocal de la Diputación Permanente del Congreso y de las comisiones de Justicia e Interior y Constitucional.

Precisamente, como portavoz de Justicia de su partido, fue una de las personas que negoció en nombre del PSOE el Pacto de la Justicia, firmado con el PP y suscrito por el Gobierno de José María Aznar en mayo de 2001.

Tras la victoria de los socialistas en las generales de 2004, López Aguilar fue nombrado ministro de Justicia del primer gobierno de José Luis Rodríguez Zapatero. Durante su mandato se dio luz verde a la reforma de la ley del divorcio y se legalizó, pese a la protesta de algunos sectores de la sociedad, el matrimonio entre parejas del mismo sexo.


Aprovechando el tirón ministerial, el PSOE decidió sacarle de la Administración Central para colocarle al frente de la candidatura socialista a la Presidencia del Gobierno de Canarias en las elecciones autonómicas de 2007. Ganó las elecciones, pero un pacto entre Coalición Canaria y el Partido Popular le impidió gobernar. El nacionalista Paulino Rivero se hizo con la presidencia.

Ya en 2008 y tras la nueva victoria socialistas en las generales fue designado presidente de la Comisión de Administraciones Públicas de la Cámara Baja. Estuvo poco tiempo, porque ese mismo año fue elegido vicepresidente de la Asamblea Parlamentaria del Consejo de Europa, a propuesta de la nueva delegación española, de la que formaba parte desde junio.